Primer aislado de Pseudomonas aeruginosa productora de Sao Paulo metalo-beta-lactamasa (SPM-1) en un paciente chileno / First isolate of SPM-1- producing Pseudomonas aeruginosa (Sao Paulo metallo-beta-lactamase) in a Chilean patient

Resumen Las enzimas VIM, IMP, y NDM son carbapenemasas de tipo metalo-beta-lactamasas (MBLs) que se encuentran ampliamente distribuidas en el mundo. La SPM-1 (Sao Paulo metalo-beta-lactamasa) es una MBL que fue descrita en Pseudomonas aeruginosa en Sao Paulo (Brasil) en 2002. Comunicamos por primera vez la presencia de SPM-1 en Chile, en un aislado de P aeruginosa resistente a meropenem e imipenem, detectado en un cultivo rectal de vigilancia de carbapenemasas desde un paciente internado en nuestra institución. La secuencia del producto de la RPC fue 100% idéntica a la secuencia de SPM-1 reportada en Brasil. El paciente tenía antecedentes de una angioplastía realizada en Brasil en 2004-2005. Como consecuencia de este hallazgo, la detección de SPM mediante RPC será incorporada a la búsqueda de rutina de carbapenemasas en P aeruginosa.

Abstract VIM, IMP, and NDM carbapenemases are metallo-beta-lactamases (MBLs) that are widely distributed throughout the world. SPM-1 (Sao Paulo metallo-beta-lactamase) is an MBL that was described in Pseudomonas aeruginosa in Sao Paulo (Brazil) in 2002. We report for the first time the presence of SPM-1 in Chile, in an isolate of P aeruginosa resistant to meropenem and imipenem, detected in a carbapenemase surveillance rectal swab culture, in a patient admitted to our institution. The sequence of the PCR product was 100% identical to the sequence of SPM-1 reported in Brazil. The patient had a history of an angioplasty performed in Brazil in 2004-2005. As a consequence of this finding, the detection of SPM by PCR will be incorporated into the routine screening for carbapenemases in P aeruginosa.

Primera comunicación en Chile de la detección del gen mcr-1 en un aislado clínico de Escherichia coli resistente a colistín / First report in Chile of a clinical isolate of Escherichia coli resistant to colistin harbouring the mcr-1 gene

Recently it was described the plasmidial gene mcr-1 associated with colistin resistance. We screened by PCR and sequencing for gene mcr-1 in thirteen clinical isolates resistant to colistin. We observed amplification in one E. coli. To our knowledge, this is the first report of the presence of mcr-1 gene in Chile.

Una regla de predicción clínica ¿anticipa el diagnóstico de la faringitis estreptocóccica en niños de 2 a 15 años? / Does a clinical prediction rule anticipate the diagnosis for streptococcal pharyngitis in children aged 2 to 15?

Resumen Introducción: La etiología estreptocóccica de una faringitis debe ser confirmada con métodos de laboratorio para evitar un sobre-tratamiento antimicrobiano, exámenes que agregan costo a la atención del paciente. Los scores diseñados para aplicar en niños y adultos son imperfectos. Objetivo: Desarrollar una regla de predicción clínica para contribuir al diagnóstico de la faringitis estreptocóccica (FE) en niños. Pacientes y Métodos: Se incluyeron 318 pacientes de 2 a 15 años que fueron evaluados por sospecha de FE en el Servicio de Urgencias Pediátricas y la Unidad de Pediatría Ambulatoria de la Red Salud UC-Christus. Se obtuvo un cultivo faríngeo y una prueba rápida de detección de antígeno para Streptococcus pyogenes de cada paciente. Los datos se analizaron para posibles predictores clínicos de FE con análisis de regresión múltiple. Resultados. Setenta y tres casos de FE fueron diagnosticados (23,9%). En el análisis univariado, la fiebre se asoció inversamente con FE (p = 0,002). La odinofagia, las petequias palatinas y la estación del año (otoño e invierno) se asociaron positivamente con FE (p = 0,007, p < 0,001 y p = 0,03 respectivamente). En el análisis de regresión múltiple, los modelos no tuvieron suficiente poder para predecir etiología por S. pyogenes. Conclusión: Los predictores clínicos analizados, incluso los incluidos sistemáticamente en reglas de predicción clínica, no mostraron suficiente poder predictor para incluir o excluir de forma segura la FE en este contexto y, por lo tanto, sería necesario mejorar el acceso a las pruebas de confirmación.

Background: The etiology of a streptococcal pharyngitis must be documented by laboratory techniques to avoid unnecessary antimicrobial treatment, but this strategy increases cost for the patient. Available scores applied in children or adults are imperfect. Aim: To develop a clinical prediction rule to aid the diagnostic process of streptococcal pharyngitis (SP) in children in a low-resource setting. Methods: Three hundred and eighteen patients aged 2 to 15 years who were evaluated for suspected SP at the Pediatric Emergency Department and the Pediatric Ambulatory Unit of Red Salud UC-Christus entered the study. A throat culture and a rapid antigen detection test for Streptococcus pyogenes were obtained from each patient. Data were analyzed for possible clinical predictors of SP with univariate and multiple regression analyses. Results: Seventy-three cases of SP were diagnosed (23.9%). In the univariate analysis, fever was inversely associated with SP (p = 0.002). Odynophagia, palatal petechiae, and season of the year (autumn and winter) were positively associated with SP (p = 0.007, p < 0.001 and p = 0.03 respectively). In multiple regression analysis the models did not have sufficient power to predict streptococcal etiology. Conclusion: Clinical predictors, even those systematically included in clinical prediction rules, did not show sufficient predictive power to safely include or exclude SP in this setting, and thus, it is necessary to improve access to confirmatory tests.

Evaluación de test rápidos y diseño de una estrategia para la detección y caracterización de carbapenemasas en cepas de bacilos gramnegativos / Test evaluation and strategy proposal to detect and to characterize carbapenemase-producing gram negative bacilli

Resumen Introducción: La detección de bacilos gramnegativos productores de carbapenemasas es compleja, existiendo actualmente varios test disponibles. La confirmación mediante la caracterización molecular de la enzima no está disponible en todos los laboratorios del país. Objetivo: Plantear una estrategia rápida, eficiente y sencilla para la detección y confirmación de carbapenemasas en cepas de bacilos gramnegativos. Material y Métodos: Se utilizaron 39 aislados productores y ocho no productores de carbapenemasas para evaluar los test fenotípicos Carba NP, CarbAcineto NP, Blue-Carba y validar el test molecular Xpert® Carba-R directo de la colonia en comparación con RPC convencional. Resultados: La sensibilidad para Carba NP, CarbAcineto NP y Blue-Carba fue de 79,5; 87,2 y 84,6%, respectivamente; mientras que la especificidad fue de 100; 100 y 87,5%, respectivamente. La concordancia entre RPC convencional y Xpert® Carba-R fue de 100%. El límite de detección para Xpert® Carba-R fue diferente según el tipo de carbapenemasa: 40,8 ufc/reacción par KPC y NDM y 30,6 ufc/reacción para VIM. Discusión: En aislados con susceptibilidad disminuida a carbapenémicos se propone realizar un tamizaje con CarbAcineto NP, para luego caracterizar la carbapenemasa con Xpert® Carba-R y adoptar las medidas de contención específica: para cada caso.

Introduction: The detection of carbapenemase-producing gram negative bacilli is complicated, because there are available multiple options of test. The confirmation of the enzyme by molecular characterization is not available in all laboratories in our country. Objective: To propose a fast, efficient and simple strategy to detect and confirm CPB. Materials and Methods: 39 CPB isolates and 8 non-producing were used to evaluate the phenotypic test Carba NP, CarbAcineto NP and Blue-Carba, validating the test Xpert® Carba-R, to be used directly with bacterial colonies with conventional PCR. Results: The sensitivity of Carba NP, CarbAcineto NP and Blue-Carba was 79,5; 87,2 y 84,6%, respectively; and specificity was 79.5; 87.2 and 84.6%, respectively. The limit of detection of Xpert® Carba-R was different for each carbapenemasa: 40.8 ufc/reaction to KPC and NDM and 30.6 ufc/reaction to VIM. Discussion: On isolates with decreased susceptibility to carbapenems we propose to use as screening the test CarbAcineto NP, follow by Xpert®Carba-R to characterize the carbapenemase and adopt specific infection control measures.

Evaluación de la técnica Xpert® MTB/RIF para la detección de Mycobacterium tuberculosis complex en muestras extra-pulmonares / Evaluation of Xpert® MTB/RIF technique for Mycobacterium tuberculosis complex detection in extra-respiratory specimens

Resumen La tuberculosis (TBC) extra-pulmonar alcanza al 26,2% de los casos totales de TBC en Chile. El cultivo es el método estándar de oro, pero es lento. La técnica Xpert® MTB/RIF permite detectar Mycobacterium tuberculosis complex (MTBc) por RPC en tiempo real en menos de 3 h, sin embargo, ha sido validada sólo para muestras respiratorias. El objetivo de este estudio fue determinar la utilidad de la prueba Xpert® MTB/RIF en la detección de MTBc en muestras extra-pulmonares en comparación con un estándar de oro combinado consistente en un cultivo de micobacterias positivo (medio sólido y líquido) y/o un método molecular validado positivo (q-RPC, Cobas® TaqMan-MTB). Se analizaron 50 muestras extra-pulmonares, de las cuales 25 fueron definidas positivas y 25 negativas para MTBc en base a estándar de oro combinado. Las 25 muestras definidas positivas tuvieron un resultado positivo por Xpert® MTB/RIF; de las 25 muestras definidas negativas, 24 tuvieron un resultado negativo y una de ellas un resultado positivo. Se obtuvo una concordancia global entre Xpert® MTB/RIF y el estándar de oro combinado de 98%. La prueba Xpert® MTB/RIF fue capaz de detectar 12 casos de TBC extra-pulmonar con baciloscopia negativa y 3 casos con cultivo negativo. El método Xpert® MTB/RIF ha demostrado tener una sensibilidad similar al q-RPC para detectar MTBc en muestras extra-pulmonares y permite reducir sustancialmente el tiempo de diagnóstico.

Extra-pulmonary tuberculosis (TB) represents the 26.2% of total TB cases in Chile. Culture is the gold standard method, but the process is extremely slow. Xpert®MTB/RIF technique detects Mycobacterium tuberculosis complex (MTBc) through real time PCR in less than 3 h. However, it has been validated only for respiratory specimens. We aimed to determine the performance of Xpert®MTB/RIF test in detecting MTBc in extra-respiratory specimens compared with a combined gold standard consisting in a positive (liquid and solid) mycobacterial culture and/or a positive validated molecular method (q-RPC, Cobas®TaqMan®-MTB). Fifty extra-respiratory specimens were analyzed, from which 25 were positive and 25 negative for MTBc based on the combined gold standard. The 25 positive specimens had a positive result by Xpert®MTB/RIF; from the 25 negative specimens, 24 had a negative result and one had a positive result. We obtained an overall concordance of 98% between Xpert®MTB/RIF and the combined gold standard. Xpert®MTB/RIF test was able to detect 12 smear-negative specimens and 3 culture-negative specimens, all of them corresponding to extra-pulmonary TB cases. Xpert®MTB/RIF showed similar sensitivity to q-RPC in detecting MTBc in extra-respiratory specimens. This procedure allowed a substantial reduction in the time of diagnosis.

Utilidad de la reacción de polimerasa en cadena convencional para la detección de Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp. y Trichomonas vaginalis en muestras genitales de mujeres en consulta ambulatoria / Usefulness of conventional polymerase chain reaction for the detection of Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp. and Trichomonas vaginalis in female outpatient's genital samples

Introduction: Trichomonas vaginalis, Mycoplasma hominis and Ureaplasma spp. are microorganisms responsible for genitourinary and pregnancy pathologies. Nucleic acid amplification methods have shown several advantages, but have not been widely studied for the detection of these microorganisms. Aim: To implement a conventional polymerase chain reaction (PCR) for the detection of the microorganisms and to compare its results versus the methods currently used at our laboratory. Material and Methods: 91 available samples were processed by PCR, culture (M. hominis y Ureaplasma spp.) and wet mount (T vaginalis). Results were compared and statistically analyzed by kappa agreement test. Results: 85, 80 and 87 samples resulted in agreement for the detection of M. hominis, Ureaplasma spp. y T. vaginalis, respectively. For M. hominis and Ureaplasma spp., agreement was substantial, whereas for T. vaginalis it was moderate, however, for the latter, PCR detected more cases than wet mount. Conclusion: We recommend the implementation of PCR for detection of T. vaginalis whereas culture kit is still a useful method for the other microorganisms.

Introducción: Trichomonas vaginalis, Mycoplasma hominis y Ureaplasma spp. son microorganismos causantes de patología genito-urinaria y durante el embarazo. Los métodos de amplificación de ácidos nucleicos han demostrado numerosas ventajas, pero no han sido ampliamente estudiados para la detección de estos microorganismos. Objetivo: Implementar una reacción de polimerasa en cadena convencional (RPC) para su detección y comparar sus resultados con los métodos actuales de nuestro laboratorio. Material y Métodos: Se procesaron 91 muestras mediante RPC, cultivo (M. hominis y Ureaplasma spp.) y observación microscópica al fresco (T. vaginalis). Los resultados fueron comparados y analizados estadísticamente mediante el test de concordancia kappa. Resultados: 85, 80 y 87 muestras tuvieron resultados concordantes para la detección de M. hominis, Ureaplasma spp. y T. vaginalis, respectivamente. Para M. hominis y Ureaplasma spp. el nivel de concordancia fue considerable mientras que para T. vaginalis fue moderado; sin embargo, para esta última, la RPC detectó más casos que la microscopia al fresco. Conclusión: Se recomienda la implementación de la RPC para la detección de T. vaginalis. Para M. hominis y Ureaplasma spp. el kit de cultivo continúa siendo un buen método.

Presencia del genotipo Beijing entre cepas del complejo Mycobacterium tuberculosis en dos centros de salud de la Región Metropolitana-Chile / Presence of Bejing genotype among Mycobacterium tuberculosis strains in two centres of the Region Metropolitana of Chile

Background: Genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex (cMtb) allows us to know geographically predominant lineages. Some lineages spread more rapidly and are associated with multidrug resistance, particularly Beijing, which has been reported in Latin America (Peru). There is little information about this topic in Chile and there are no reports of the presence of the Beijing genotype. Aim: To determine the most prevalent lineages in the Metropolitan Region of Chile with emphasis on the search for Beijing in two health centers. Methods: Two complementary molecular methods were used: spoligotyping, based on the variations of the direct repeat regions in the genome of cMtb and MIRU-VNTR, based in the variable number of tandem repeats of mycobacterial interspersed repetitive units, and subsequent analysis in international databases. A designed lineage was assigned to 37 of the 43 strains studied (86%); 6 isolates could not be assigned to any genotype. LAM and T genotype were the most frequent (39.5 and 32.5%, respectively) followed by Haarlem (7.0%), Beijing (4.7%) and X (2.3%). Conclusion: We describe for the first time the presence of the Beijing genotype in Chile. cMtb molecular surveillance should be implemented in our country in order to know the dynamics of its transmission.

Introducción: La genotipificación del complejo Mycobacterium tuberculosis (cMtbc) permite conocer los genotipos geográficamente predominantes. Algunos genotipos se diseminan con mayor rapidez y se asocian a multi-resistencia, tal como Beijing, reportado en América Latina en Perú. Existe poca información al respecto en Chile, sin reportes de la presencia de Beijing. Objetivo: Conocer los genotipos prevalentes en dos centros de salud de la Región Metropolitana de Chile con énfasis en la búsqueda de Beijing. Métodos: Se utilizaron dos métodos moleculares complementarios basados en la variación de las regiones de repeticiones directa en el genoma de M. tuberculosis (espoligotipificación) y número variable de repeticiones en tandem de las unidades repetitivas de interespaciadores micobacterianos (MIRU-VNTRs) y posterior análisis en bases de datos internacionales. Resultados: Se asignó un genotipo conocido a 37 de las 43 cepas estudiadas (86%), mientras que en 14% no se asignó alguno. Los genotipos LAM y T fueron los más frecuentes (39,5 y 32,5%, respectivamente), seguidos por Haarlem (7,0%), Beijing (4,7%) y X (2,3%). Conclusión: Se describe por primera vez en Chile la presencia del genotipo Beijing en cepas de cMtb. Es necesario realizar una vigilancia epidemiológica molecular en el cMtb para conocer la dinámica de la transmisión en nuestro país.

Presencia de Bordetella holmesii en brote epidémico de coqueluche en Chile / Presence of Bordetella holmesii in an outbreak of pertussis in Chile

The incidence of whooping cough in Chile ranges from 4.1 and 7.5 per hundred thousand inhabitants. B. pertussis detection is performed by Real Time PCR (Q-PCR) directed to the insertion sequence IS481. However, this sequence is also found in the genome of B. bronchiseptica and B. holmesii. The latter is also a respiratory pathogen whose clinical features are similar to B. pertussis. However, it is important to differentiate between these species because in immunosuppressed patients B. holmesii is more likely to cause bacteremia and is less susceptible to erythromycin. The goal of this work is to measure prospectively and retrospectively the presence of B. holmesii in samples reported positive for B. pertussis in the period 2010-2011. During this period, 1994 nasopharyngeal specimens entered the laboratory for Bordetella sp. PCR, of which 224 were positive. The analysis by Q-PCR directed to the recA gene of B. holmesii of all 224 positive samples determined a prevalence of B. holmesii of 0.6% (12/1994). Because of its more aggressive behavior in immunosupressed patients and its different resistance pattern, routine screening of B. pertussis and B. holmesii is currently performed for all samples in which Bordetella sp PCR is initially detected.

La incidencia de coqueluche en Chile varía entre 4,1 y 7,5 por 100.000 habitantes. La detección de Bordetella pertussis se realiza por RPC-tiempo real (Q-RPC) dirigida a la secuencia de inserción IS481. Sin embargo, esta secuencia se encuentra también en el genoma de B. bronchiseptica y B. holmesii. Este último es también un patógeno respiratorio que produce un cuadro similar a B. pertussis. Sin embargo, es importante diferenciar entre estas especies porque en pacientes inmunosuprimidos B. holmesii tiene mayor tendencia a causar bacteriemia y además es menos susceptible a eritromicina. El objetivo de este trabajo es determinar, prospectiva y retrospectivamente, la presencia de B. holmesii en muestras informadas positivas para B. pertussis en el período 2010-2011. Durante ese período ingresaron al laboratorio 1. 994 muestras de hisopado nasofaríngeo para RPC de Bordetella sp., de las cuales 224 fueron positivas. El análisis por Q-RPC dirigido al gen recA de B. holmesii de las 224 muestras positivas determinó una prevalencia de B. holmesii de 0,6% (12/1994). Debido al comportamiento más agresivo en inmunosuprimidos y al patrón de resistencia de B. holmesi, se decide incorporar la detección de rutina de B. pertussis y B. holmesii en todas las muestras en que se detecta inicialmente la presencia de Bordetella sp.

Análisis de los fenotipos y genotipos de resistencia a eritromicina y clindamicina en cepas de Streptococcus pyogenes aisladas en Chile en un período de 10 años / Resistance phenotypes and genotypes of Streptococcus pyogenes clinical isolates in Chile over a 10-year period

Background: Macrolide and lincosamide resistance in Streptococcus pyogenes is due to the acquisition of mef, ermB and ermA genes, which confer different resistance phenotypes, namely M, MLSBconstitutive and MLSBinducible respectively. The last report of resistance in Chile was done in the period 1990-1998, in which resistance to macrolides was 5.4 percent, with M phenotype as the predominant one. Aim: To characterize the evolution of erythromycin and clindamycin resistance and their associated genes in S. pyogenes strains isolated from patients with invasive and non-invasive infections in the period 1996 to 2005. Material and Methods: Resistance to erythromycin and clindamycin was determined in 1,282 clinical isolates using the disk diffusion test. Resistant isolates were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) for the presence of the above mentioned resistance genes. Results: Global resistance to erythromycin and clindamycin was 3.5 and 0.7 percent respectively. Eighty percent of the resistant strains possessed the M. phenotype. Conclusions: Resistance levels of S. pyogenes have decreased in Chile in the last years. Most resistant strains have M phenotype in contrast to many countries in which the MLSB constitutive phenotype is the predominant one.